La brasserie, attestée dès 1363 est l'une des plus anciennes de Munich. Son nom vient du fait qu'elle était alors installée à proximité d'un couvent de Franciscains. Elle est achetée en 1863 par Josef Sedlmayr, frère de l'illustre maître-brasseur de Spaten, Gabriel Sedlmayr. En 1922, les deux brasseries fusionnent, formant une société par actions.

La première Weizenbier de la brasserie est lancée en 1964 sous le nom de Spaten Champagner Weissbier ; elle est renommée Franziskaner Hefe-Weissbier en 1974.