Au début de la Seconde Guerre mondiale, l’institution est réactivée par un décret du 19 octobre 1939.

Par un décret du 20 mai 1940, une ouverture de crédit de 50 millions de francs est allouée au Secours national. Un autre décret, en date du 23 juillet 1940, attribue à l’organisme le produit de la liquidation des biens des Français déchus de leur nationalité. Le décret du 4 octobre 1940, lendemain de la promulgation du premier statut des Juifs, place le Secours national sous la haute autorité du maréchal Pétain.

Durant la Seconde Guerre mondiale, le Secours national est dirigé au niveau national par Georges Pichat, ancien vice-président du Conseil d’État, assisté dans sa tâche par Jean Toutée, membre également du Conseil d’État. Le Secours national échappe au contrôle des préfets régionaux.

L’organisme, puissant instrument de propagande, prend une importance croissante au fil des années de la collaboration. Il a le monopole des appels publics à la générosité, et bénéficie de subventions de l’État et des collectivités locales. Le produit de la loterie nationale lui est attribué à partir d’octobre 1940.

Il agit aussi sous le nom d'« Entr'aide d'hiver du Maréchal » (l'Allemagne nazie avait à partir de 1933 le « Winterhilfe »; les Pays-Bas occupés eurent le « WinterHulp »).

En 1944, après la Libération, il devient l’Entraide française. Charles de Gaulle nomma Raoul Dautry à sa tête, puis Justin Godart.